食用菌的主要质量安全问题，只有重金属和农残超标两个问题。重金属超标主要来自使用了重金属污染农田种植的作物秸秆和污染水源，农残超标主要来自病虫害控制不力导致不合理的化学防治。然而，在生产实践中，这种情况发生很少，因为我国农田污染并没有那么严重，没有那么多的污染农田秸秆用于食用菌栽培；在食用菌生产中也几乎无人直接在菇体上使用农药。
所以，食用菌的生产全过程都是非常安全的。造成食用菌的质量安全问题更多的是流通环节中的违规和违法，如：不法商贩使用非饮用水浸泡菇体增重导致重金属超标；为了保鲜和改善卖相，违规使用荧光增白剂漂洗白色的食用菌。
提高食用菌质量安全措施
1.质量高于产量。从长远和高度上来讲，我国食用菌产业正从数量扩张期向质量提升期转变。顺应市场提高质量要求强烈、数量增长空间渐小的趋势，生产单位和种植户减少用于扩大规模的资金投入，应将发展资金投入到提高生产质量、改善生产设施条件上来，要走绿色产业路线，逐渐走上标准化、设施化、工厂化、绿色无公害道路，以少胜多、以强胜弱、以优胜劣。发展食用菌工厂化生产，能提高食用菌产品品质、解决产品周年均衡供应、拉动食用菌餐桌经济，从而提升我国食用菌产业的发展水平。
2.强化加工企业的主体责任。落实企业主体责任，加强行业自律，严格对原料收购、加工、经营的管理，建立健全产品质量追溯源制度和质量责任追究制度，进一步规范食用菌生产加工行为，严格按照行业标准和国家标准进行添加添加剂。
3.加大食用菌产品安全监管力度。
（1）强化投入品监管。建立完善的投入品准入制度，对进入产地的农药和食用菌投入品全部进行登记和清查，公布禁用农药名单和推荐药品名单，对假、冒、伪、劣等不合格投入品坚决清除市场。
（2）加大抽查检测力度。对食用菌产前、产中、产后等各个环节加大检测力度，确保食用菌产品及其加工产品质量安全。对于出口食用菌产品，采取企业自检、检测站抽检、出入境检验检疫局核检相结合的方式，做到每个环节都严格把关，确保产品质量安全，坚决杜绝问题产品上市销售。
冠宇仪器食品安全检测仪系列：食品安全检测仪 农药残留检测仪 重金属检测仪等可以针对食用菌的重金属、农药残留、不良添加等多种食品安全问题进行检测，有效快速准确。适用于食品监测中心、食品生产加工自查、食品贸易、市场自检、工商质监部门用于市场快速筛查等。同时也可为食药监系统、农业系统、畜牧系统、渔业系统、食品企业等提供专业的检测产品、先进的技术支持和高效的整体解决方案。
4.建立健全预警通报与应急体系。地方政府能根据产业监控监测结果和质量安全状况，定期开展风险评估，对农兽药残留等重大质量安全隐患及时发布预警通报，提出整改方案并采取相应纠偏措施。建立食用菌质量安全事件应急处理机制，对重大突发事件能及时启动应急处置预案。
5.建立产品质量可追溯体系。现在通过农业物联网在食用菌生产中的应用，可准确的监测种植环境，并对环境参数的波动进行预警，同时可随时追溯历史记录。做到输入或扫入编码即可查清生产企业或基地生产者，一旦出现问题，可以逐级溯源问责。
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